หลังจากไตร่ตรองอย่างหนักระหว่างสหภาพโซเวียตและคณะรัฐมนตรีของเคนเนดี เคนเนดีเห็นด้วยอย่างลับ ๆ ที่จะถอนขีปนาวุธทั้งหมดในตุรกีตามแนวชายแดนโซเวียตเพื่อแลกกับการที่ครุสชอฟนำขีปนาวุธออกจากคิวบา

เมื่อเวลา 09:00 ของวันที่ 28 ตุลาคม มีข้อความใหม่จากครุสชอฟถูกกระจายเสียงทางวิทยุของมอสโคว์ ครุสชอฟได้กล่าวว่า "รัฐบาลของโซเวียตได้ตกลงที่จะหยุดการสร้างฐานยิงอาวุธ และได้ประกาศคำสั่งใหม่ให้รื้อถอนอาวุธที่พวกท่านมองว่าเป็นภัยคุกคามและส่งพวกมันกลับสหภาพโซเวียต"

เคนเนดีตอบรับในทันทีด้วยการแถลงการทางจดหมายว่ามันเป็นการช่วยรักษาความสงบ เขายังว่าต่อด้วยว่าจดหมายฉบับก่อน ๆ ที่ว่า "ข้าพเจ้าตัดสินใจส่งจดหมายให้ท่านในวันที่ 27 ตุลาคมและการตอบรับของท่านในวันนี้เป็นการยืนยันสัญญาของรัฐบาลทั้งสองซึ่งควรจะคงอยู่ต่อไป... สหรัฐจะทำการแถลงในขอบข่ายงานของสภาความมั่นคงเพื่ออ้างอิงถึงคิวบา มันจะเป็นที่ชัดเจนว่าสหรัฐอเมริกาจะไม่รุกล้ำเขตแดนและอำนาจของคิวบา ซึ่งจะไม่ก้าวก่ายงานภายในประเทศ ไม่ใช่เพื่อการรุกรานและไม่ใช่เพื่ออนุญาตให้ใช้อาณาเขตของสหรัฐเป็นหัวหอกในการโจมตีคิวบา และจะยับยั้งผู้ที่วางแผนจะโจมตีคิวบา"[21]

ผลกระทบที่เกิดขึ้นจริงจากข้อตกลงของเคนเนดีและคุรสชอฟคือมันได้ทำให้ตำแหน่งของกัสโตรแข็งแกร่งขึ้นอย่างมากในคิวบา ซึ่งเขาจะไม่ถูกรุกล้ำโดยสหรัฐ มันเป็นไปได้ที่ครุสชอฟนำขีปนาวุธเข้าคิวบาเพียงเพื่อที่จะทำให้เคนเนดีถอนขีปนาวุธออกจากตุรกี และโซเวียตนั้นไม่มีเจตนาในการเริ่มสงครามนิวเคลียร์หาพวกเขามีอาวุธน้อยกว่าฝ่ายอเมริกา อย่างไรก็ตามเนื่องมาจากการถอนขีปนาวุธออกจากตุรกีไม่ได้เปิดเผยต่อสาธารณะในเวลานั้น ครุสชอฟจึงดูเหมือนว่าพ่ายแพ้และกลายเป็นคนอ่อนแอ แนวคิดคือเคนเนดีมีชัยในการแข่งขันทางอำนาจและครุสชอฟก็ต้องอับอาย อย่างไรก็ดีครุสชอฟก็ยังครองอำนาจไปอีก 2 ปี[21]